La colección arqueológica del Museo Histórico Arqueológico de Quillota, está integrada por piezas representativas de la cultura material de los pueblos que habitaron el Valle de Quillota; como fueron Bato, Llolleo, Aconcagua, Diaguita e Inca.

Éstas han sido ingresadas principalmente a través de investigaciones, operaciones de salvataje (en sus comienzos), excavaciones autorizadas por el Consejo de Monumentos Nacionales y donaciones realizadas por personas de la comunidad que han efectuado hallazgos fortuitos.

La colección histórica del Museo Histórico Arqueológico de Quillota está compuesta por piezas que han sido testigos y producto de procesos históricos acontecidos en la zona. Éstas han sido ingresadas principalmente a través de investigaciones, operaciones de salvataje (en sus comienzos), excavaciones autorizadas por el Consejo de Monumentos Nacionales, donaciones y préstamos realizadas por personas u organizaciones de la comunidad.